Der Cres-Lošinjer Archipel war in antiker Zeit unter dem gemeinsamen Namen Apsyrtides bekannt. Der Name ist mit der Legende vom mythischen Helden Apsyrtus verbunden.
Die Inseln Cres und Lošinj bildeten in ferner Vergangenheit ein Ganzes. Sie wurden erst später wegen der Bedürfnisse des Seehandels auf dem Bernsteinweg durch einen künstlichen Kanal bei Osor getrennt. Historische Stürme bespülten diese Inseln wie stürmische Wellen und Jahrtausende vergingen. Von jedem Einfall kleiner und großer Völker zeugen die Spuren ihrer materiellen Kultur, die sie mit sich gebracht oder auf diesem Boden geschaffen hatten. Die ältesten Siedlungen auf den Inseln (Lubenice, Osor, Beli) haben eine mehr als 4000 Jahre alte Geschichte. Die römische Stadt Osor war der Bischofssitz im 9. Jahrhundert.

Die bis zur Mitte des 13. Jahrhunderts fast unbesiedelte Insel Lošinj entwickelte sich bis zum 19. Jahrhundert zu einer führenden regionalen Schifffahrtsmacht, wobei Mali Lošinj, gleich nach Triest, zum zweitwichtigsten Hafen an der Adria wurde. Die Lošinjer waren nicht nur als kunstfertige Segelschiffsbauer, sondern auch als die besten Seeleute am Mittelmeer geschätzt. Gerade in dieser Zeit wurde auch das architektonische, bis zum heutigen Tage fast unverändert gebliebene Aussehen des Altstadt von Mali Lošinj definiert.
Im Ort Mali Lošinj wirkten im 19. Jahrhundert sechs Schiffswerften. Dank ihnen wurde Mali Lošinj zu einer europäischen Schiffsbauer- und Reedermacht¬; nach der Zahl der gebauten Segelschiffe für die Hochseeschifffahrt hielt er eine Zeitlang den 2. Platz im Rahmen des österreichisch-ungarischen Schiffsbaus. Die Lošinjer Reeder verfügten in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts über fast 150 Segelschiffe, mehr als das gesamte benachbarte Istrien. Die Segelschifffahrt erreichte ihren Höhenpunkt im Zeitraum von 1855 bis 1870, in dem an Lošinjer Segelschiffen 1400 Kapitäne und Matrosen eingeschifft waren.

Zu dem berühmtesten Lošinjer Schiffsbauer- und Reederfamilien gehören die Katarinichs, die Tarabocchias, die Martolinichs (die später die Schiffswerft in Monfalcone gründeten) und die Cosulichs (die heute eine Reederei in Triest halten).

Die Anfänge des Tourismus reichen ins Jahr 1885 zurück, als auf der Insel der Gesundheitstourismus als ihre ursprüngliche Tourismusart entstand. Am 21. Januar 1885 wurde der erste Tourist auf dieser Insel verzeichnet.

Das erste Hotel in Mali Lošinj hieß „Vindobona“ und wurde 1887 gebaut.

Dank ihrer außerordentlichen klimatischen Merkmale wurden Veli Lošinj und Mali Lošinj 1892 durch einen Erlass des Gesundheitsministeriums der Österreichisch-Ungarischen Monarchie zu Klimakurorten erklärt. Bald entwickelte sich Lošinj zu einem beliebten Reiseziel der österreichisch-ungarischen Adligen, die auf der Insel zahlreiche Villen und Sommerresidenzen errichteten, von denen viele noch heute zu sehen sind.

Lošinj ist auch heutzutage ein bekannter Klimakurort für die Therapie von Atemwegserkrankungen und Allergien. Die Insel eignet sich ideal für körperliche und seelische Erholung, insbesondere in den Winter-, Frühlings- und Herbstmonaten. Im Angebot der Hotels stehen Wochenend- und einwöchige Antistress- und sonstige Wellness-Programme.

Im Jahr 1893 erhielt Mali Lošinj wegen der Heiterkeit des Himmels und der guten Sichtbarkeit ein gut ausgestattetes astronomisches Observatorium, das bald Weltruhm erlangte, so dass Astronomen aus verschiedenen Ländern Europas und der Amerikas herkamen.

Eine verstärkte Entwicklung des Sommertourismus auf der Insel Lošinj begann nach 1905, als in der Bucht Čikat Badeanstalten, Hotels und Pensionen errichtet wurden. Schon damals war diese Gegend von dichtem Walden bewachsen und verfügte über eine eingerichtete Küstenpromenade (6 km) sowie über ein ganzes Netz von Spazierwegen (17 km).